Zniszczenie materiałów zgromadzonych w wyniku stosowania kontroli powinno zostać potwierdzone odpowiednim protokołem. Zniszczeniu podlegają materiały niezawierające dowodów, które pozwalałyby na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo lub materiały niemające znaczenia dla postępowania kontrolnego.
Po utylizacji takich materiałów sporządza się protokół komisyjnego zniszczenia materiałów. Pozostałe materiały należy przekazać właściwemu miejscowo organowi kontroli skarbowej za pośrednictwem pracownika wywiadu skarbowego.
Materiały i dokumenty zgromadzone podczas kontroli przetwarza się i przechowuje w sposób, który uniemożliwia dostęp do dokumentacji osobom nieuprawnionym.
Jeśli materiały mają zostać usunięte, sporządza się protokół komisyjnego zniszczenia materiałów potwierdzający, że informacje zostały usunięte w sposób uniemożliwiający odtworzenie treści tych zapisów, zwłaszcza danych osobowych.
Wzór protokołu komisyjnego zniszczenia materiałów można wykorzystać również wtedy, kiedy usunięcie z nośników utrwalonych zapisów nie jest możliwe. W takiej sytuacji nośniki uszkadza się bowiem w sposób uniemożliwiający odczytanie danych.
